Struktura funkcjonalna jest cześć struktury organizacyjnej, gdzie występują działy funkcjonalne. Są one kierowane przez określonych specjalistów. W tej strukturze określony już z góry pracownik ma przeważnie więcej niż jednego podwładnego. Jeśli pracownik zatem nie wie jak wykonać określone mu zadanie może się skierować do jednego z kierowników w celu konsultacji. Jako wady tego rodzaju struktury wymienia się m.in. trudności w organizacji podziału działań na szczeblach kierowniczych. Dzieje się tak, gdyż specjalistą często określić kompetencje kierownika. Taka struktura wymaga bardzo dużego zaufania między dyrektorami jednostki.